中國農業科學院深圳農業基因組所程時鋒團隊致力于利用組學信息大數據和比較進化生物學技術探討前沿關鍵科學問題和致力于其在植物學、農業、天然醫藥類等方面的轉化應用。程時鋒團隊重點關注植物比較進化基因組學和生物信息學，力圖從整個植物生物多樣性(Evolutionary Biodiversity)的角度通過基因組連接生命之樹 (Connecting Genomics)，以探討在關鍵進化節點上的基因組進化與適應性的機制。先后參與了土豆、番茄、熊貓、白菜、胡蘿卜、千種植物轉錄組1KP計劃、萬種植物基因組10KP啟動等重要國際基因組聯盟計劃(Nature 2009, 2011, 2012; Nature Genetics 2010, 2016； Nature 2018, Gigascience 2018)，并領導了中國小米基因組、醉蝶花基因組、珊瑚共生蟲黃藻基因組、植物大尺度基因家族演化機制 (Nature Biotechnology 2012, Plant Cell 2013, Science 2015, Plant Journal 2016)。團隊成員來自多個學科，包括基因組學與生物信息學、植物分子生物學、進化與群體遺傳學等。近年來，團隊在結瘤生物固氮的演化與遺傳多樣性(Science 2018)，真核生命的起源與初次內共生中的HGT事件，祖先植物陸地化與多樣性事件，深度同源與趨同進化在藥用植物代謝通路起源與多樣性的大組學研究(phylogenomics)，以及植物生物多樣性基因資源對改造重要經濟作物的應用等方面進行了系統而深入的研究。

目前團隊正致力于開發的關鍵技術有：1.基于最新測序平臺的復雜基因組組裝與注釋技術； 2.大規模比較進化基因組學技術開發； 3.重測序與比較群體基因組學技術；

一、近期將在以下三個方向招收博士后

（一）以復雜植物基因組為背景的關鍵生物信息技術和流程開發

主要結合具體項目，有針對性地對最新測序平臺（PacBio/Sequel,Nanopore, Illumina, 10X technology, HiC, Bionano等）基因組數據進行分析方法與技術方面的開發和優化，從而提出或發表領域里可以解決特定具體問題的軟件和流程。內容涉及到關鍵組裝技術、基因組注釋流程優化與開發、轉錄組學分析技術、比較基因組學與比較系統發育方法學開發等。在以技術開發為方向外，還包括其技術與流程在具體項目中的應用和評估，如解決多倍體或超大型基因組拼接與分析問題、比較系統進化生物學問題等。此方向招收博士后1-2名，歡迎生物信息學專業、計算機或數學專業、以及計算基因組學專業的青年英才加入。

 （二）生物固氮演化

主要包括結瘤生物固氮進化組學研究（Genome evolution and diversity of Root Nodule Symbiosis），植物宿主與共生固氮微生物互作協同進化等。本方向將深入探索Common Symbiotic Signaling Pathway中的關鍵基因及其調控因子的進化與表達譜研究。在這方面，針對結瘤固氮分支N-fixing clade四大科目(Fabales, Fagales, Cucurbitales, Rosales)的基因組進化與多樣性研究，探究nodulation系統發生的頻率與分布，以及為什么每個分支中只有部分物種能夠形成根瘤固氮的分子機制與進化問題。最終目標是在弄清楚結瘤固氮整個遺傳代謝通路相關因子的前提下，如何將其他non-legume重要作物進行工程化以導入共生固氮能力。比如葫蘆目下面的8個科中，有兩個科中有少數物種是保留著結瘤固氮能力的。如野麻科下面的北美假大麻（Datisca glomerata),剃刀草(Datisca cannabina)；或如馬桑科下面的歐馬桑(Coriaria myrtifolia)， 或新西蘭毒空木(Coriaria ruscifolia)。葫蘆目總計2600個種中，只發現有9個物種能夠結瘤共生固氮。通過對這些物種及其近緣物種基因組和跨組學大數據分析，以此建立一個新的研究系統，發現其能夠固氮或相關物種失去固氮的分子機制，再借助現代分子遺傳、基因編輯與合成技術進行轉化驗證實驗。本方向將與國外合作教授共同培養，計劃招收博士后1-2名，歡迎對植物進化生物學，生物固氮大進化感興趣的同學加入。

（三）小麥比較群體基因組學

 小麥是重要的經濟作物，也是高度復雜的基因組承載體（六倍體，17Gb基因組，高度重復等），其豐富的野外、祖先、以及栽培體系等多樣性資源遠未得到開發。本項目希望借助最新的基因組學測序技術和前沿的生物信息學分析技術，對小麥整個科（Phylogenomics）以及六倍體面包小麥整個群體進行全面的基因組數字化。通過重測序與群體分析，比較基因組學分析，充分挖掘小麥變異組多樣性資源，為闡明小麥縱向（Triticum family）與橫向進化(Population genomics)提供最全的圖譜；并在生物信息大數據指導下為精準基因組編輯與代謝通路合成提供藍圖，為小麥遺傳育種與“設計完美小麥計劃”作出貢獻。該項目是基因組所領導的國際聯盟，將會與英國、澳大利亞、美國等諸多科學家一起緊密合作。該方向將與國外合作教授共同培養，招收博士后1-2名，歡迎有志于進行小麥基因組學大數據分析與應用的有志英才加入。

二、招聘要求

對植物科學和組學技術有純粹的熱愛，既有雄心壯志也能腳踏實地，認同團隊“投入、勇氣、創新和協作”的核心價值觀（4C：Commitment, Courage, Creativeness, and Cooperation）。
 已獲得或即將獲得基因組學與生物信息學、進化生物學、分子生物學、生物化學、遺傳育種或生物統計等相關專業的博士學位。也歡迎對生物學有強烈興趣的數學、物理和計算機學科的博士。
 具有良好的溝通能力和中英文科技寫作能力，能在一分鐘內向非本專業者解釋自己博士研究的主要發現和意義，并在國際學術刊物以第一作者發表過或即將發表SCI論文。

三、應聘方式：

熱忱歡迎各路青年才俊加盟我們團隊。英雄不問出身，我們只關注您的興趣、素質和潛力。如果您準備好了，就請將您的個人簡歷（包含教育經歷、研究經歷、論文發表）、代表作和研究意向以電子郵件形式發送到：chengshifeng@caas.cn，郵件主題請注明應聘“博士后申請+中國博士人才網”，應聘材料請壓縮成一個以您姓名命名的zip文件以附件發送。所有應聘材料我們會仔細分析并保密，一旦候選人確定后，將邀請您進行面試。我們將全力為您提供最佳的科研環境，讓您充分發揮聰明才智、實現個人理想。除參照國家和中國農科院的博士后相關政策外，我們還積極幫助您申請廣東省和深圳市的人才計劃，工資和補貼總額約為24-35萬元／年。博后期滿，我們將擇優推薦農科院“青年英才”或深圳市人才崗位。

注：工作地點在深圳；

 程時鋒團隊代表性論文：

 　　1, Maximilian Griesmann, et al. Martin Parniske*, Pierre-Marc Delaux*, Shifeng Cheng*. Phylogenomics reveals multiple independent losses of the nitrogen-fixing root nodule symbiosis. 2018, May 24. Science. DOI: 10.1126/science.aat1743

　　2, Shifeng Cheng, Michael Melkonian, Stephen A. Smith, Samuel Brockington, John M. Archibald, Pierre-Marc Delaux, Fay-wei Li, Barbara Melkonian, Evgeny V. Mavrodiev, Wenjing Sun, Yuan Fu, Huanming Yang, Douglas E. Soltis, Sean W. Graham, Pamela S. Soltis, Xin Liu, Xun Xu, Gane Ka-Shu Wong. 10KP: A Phylodiverse Genome Sequencing Plan. 2018. GigaScience, giy013, https://doi.org/10.1093/gigascience/giy013

　　3, Shifeng Cheng, Bernard Gutmann, Xiao Zhong, Yongtao Ye, Mark F. Fisher, Fengqi Bai, Ian Castleden, Yue Song, Bo Song, Xin Liu, Xun Xu, Boon Leong Lim, Charles S. Bond, Siu-Ming Yiu, Ian Small. Redefining the structural motifs that determine RNA binding and RNA editing by pentatricopeptide repeat proteins in land plants.  The Plant Journal, (2016), doi: 10.1111/tpj.13121.

　　4, Senjie Lin, † Shifeng Cheng, † Bo Song, † Xiao Zhong, † Xin Lin, † Wujiao Li, Ling Li, Yaqun Zhang, Huan Zhang, Zhiliang Ji, Meichun Cai, Yunyun Zhuang, ‡ Xinguo Shi, Lingxiao Lin, Lu Wang, Zhaobao Wang, Xin Liu, Sheng Yu, Peng Zeng, Han Hao, Quan Zou, Chengxuan Chen, Yanjun Li, Ying Wang, Chunyan Xu, Shanshan Meng, Xun Xu, Jun Wang, Huanming Yang, David A. Campbell, Nancy R. Sturm, Steve Dagenais-Bellefeuille, David Morse: The Symbiodinium kawagutii genome illuminates dinoflagellate gene expression and coral symbiosis. Science 11/2015; 350(6261):691-694. DOI:10.1126/science.aad0408

　　5, Shifeng Cheng, Erik van den Bergh, Peng Zeng, Xiao Zhong, Jiajia Xu, Xin Liu, Johannes Hofberger, Suzanne de Bruijn, Amey S Bhide, Canan Kuelahoglu, Chao Bian, Jing Chen, Guangyi Fan, Kerstin Kaufmann, Jocelyn C Hall, Annette Becker, Andrea Bräutigam, Andreas P M Weber, Chengcheng Shi, Zhijun Zheng, Wujiao Li, Mingju Lv, Yimin Tao, Junyi Wang, Hongfeng Zou, Zhiwu Quan, Julian M Hibberd, Gengyun Zhang, Xin-Guang Zhu, Xun Xu, M Eric Schranz: The Tarenaya hassleriana Genome Provides Insight into Reproductive Trait and Genome Evolution of Crucifers. The Plant Cell 08/2013; 25(8). DOI:10.1105/tpc.113.113480

　　6, Gengyun Zhang†, Xin Liu†, Zhiwu Quan†, Shifeng Cheng†, Xun Xu†, Shengkai Pan†, Min Xie, Peng Zeng, Zhen Yue, Wenliang Wang, Ye Tao, et. al, Jian Wang: Genome sequence of foxtail millet (Setaria italica) provides insights into grass evolution and biofuel potential. Nat Biotechnol. Nature Biotechnology 05/2012; 30(6):549-54. DOI:10.1038/nbt.2195

　　7, The tomato genome sequence provides insights into fleshy fruit evolution. The Tomato Genome Consortium. Nature 05/2012; 485(7400). DOI:10.1038/nature11119

　　8, The genome of the mesopolyploid crop species Brassica rapa. The Chinese Brassica rapa consortium. Nature Genetics 08/2011; 43(10):1035-9. DOI:10.1038/ng.919

　　9, Genome sequence and analysis of tuber crop potato. The International Potato Consortium. Nature 07/2011; 475(7355):189-95. DOI:10.1038/nature10158

　　10, A high-quality carrot genome assembly reveals new insights into carotenoid accumulation and Asterid genome evolution. The Carrot Genome Consortium. Nature Genetics. 2016 Jun;48(6):657-66. doi: 10.1038/ng.3565. Epub 2016 May 9.  

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